Małgorzata urodziła się 27 stycznia 1242 r. w twierdzy Klis. Była ósmym dzieckiem króla Węgier Beli IV i Marii Laskaris.
Jeszcze przed swoim narodzeniem (w 1242 r.) została przez rodziców ofiarowana Bogu za ocalenie ojczyzny od najazdu Tatarów. W wieku około czterech lat powierzona została opiece mniszek Zakonu Kaznodziejskiego (dominikanek) w Veszprem (czyt.: Vesprem). Gdy chciano ją później zwolnić ze zobowiązań, aby mogła wyjść za mąż, odmówiła. Rodzina usiłowała ją bowiem za wszelką cenę wydobyć z zakonu i wydać za księcia kaliskiego, Bolesława Pobożnego, następnie za Ottokara II, króla czeskiego, wreszcie za króla Neapolu, Karola Andegaweńskiego. Wszystkie te ponętne propozycje stanowczo odrzuciła. Co więcej, w obecności prymasa Węgier i innych dostojników państwa uroczyście potwierdziła stanowczą wolę pozostania w zakonie, korony ziemskie oddając za koronę niebieską.
Kiedy miała 10 lat, przeniosła się do klasztoru dominikanek na wyspie Lepri na Dunaju jako internistka, a niebawem jako zakonnica. Chociaż pochodziła z tak znakomitej rodziny, Małgorzata nie wstydziła się prac fizycznych, służebnych. Budowała wszystkich umiłowaniem ubóstwa, rezygnując chętnie nawet z rzeczy najpotrzebniejszych, czyniąc to z miłości do Chrystusa. Pan Bóg wyróżnił ją darem kontemplacji, wizji i charyzmatem proroczym. W wieku dwunastu lat, w Budzie, w klasztorze zbudowanym dla niej przez króla, złożyła śluby zakonne na ręce generała Zakonu Dominikańskiego, bł. Humberta z Romans. Doszła do godnej podziwu gorliwości i bez reszty oddała się Chrystusowi Ukrzyżowanemu. Prowadziła życie surowe.

Trwając w ascezie monastycznej i pełnieniu dzieł miłosierdzia, potrafiła połączyć ze sobą gorliwe starania o przywrócenie pokoju i niezwykłe męstwo w znoszeniu niesprawiedliwych podejrzeń z wielką miłością w stosunku do sióstr, dla których pragnęła spełniać najniższe posługi. Pełniła oficjum infirmerki – z wielkim oddaniem opiekowała się chorymi. Płonęła ogromną miłością do tajemnicy Eucharystii oraz męki Odkupiciela. Wyróżniała się również nabożeństwem do Ducha Świętego i Najświętszej Maryi Panny.
Zmarła 18 stycznia 1270 roku w wieku 28 lat. Wyspę Lepri nazwano wyspą św. Małgorzaty i tak do dzisiaj się ona nazywa. Do grobu Małgorzaty spieszyły tłumy Węgrów. Obecnie grób ten jest zachowany, ale pusty, ponieważ szczątki Małgorzaty przeniesiono w 1782 r. do klasztoru klarysek w Pozsony (obecnie Bratysława), po kasacie klasztoru w Budapeszcie. Relikwie częściowo zniszczono w 1789 roku, a ocalałe części znajdują się w Esztergomie (Ostrzyhomiu), Gyor i Pannonhalmie.
Proces beatyfikacyjny wymienia ok. 300 niezwykłych łask, otrzymanych za wstawiennictwem Małgorzaty. 28 lipca 1789 papież Pius VI zaliczył ją w poczet błogosławionych, a w poczet świętych włączył ją Pius XII 19 listopada 1943 roku.

W ikonografii przedstawia się św. Małgorzatę w habicie dominikańskim, z królewską koroną złożoną u jej stóp, z lilią i księgą w ręce. Atrybutem jej są także stygmaty.